Seit den achtziger Jahren wird die Qualität des Saanewassers zwischen den Staumauern von Rossens und Schiffenen regelmässig kontrolliert. Die physikalisch-chemischen Analysen bestätigten allgemein die Einhaltung der gesetzlichen Grenzwerte. Der biologische Zustand dieses Abschnitts stellte sich hingegen wie bei anderen Fliessgewässern des Kantons als kritisch heraus, da namentlich die Artenvielfalt der Mikrofauna als ungenügend eingestuft werden musste.

Als das Wasser der Saane 2001 vor der Inbetriebnahme der Kehrichtverbrennungsanlage untersucht wurde, waren keine PCB nachgewiesen worden. Diese Analysen zeigten im Übrigen, dass die Qualität der Sedimente mit Ausnahme einer Stelle unterhalb des Ortes, bei dem die Abwässer der geplanten Kehrrichtverbrennungsanlage eingeleitet werden sollten, auf dem gesamten Abschnitt zufriedenstellend war. An dieser einen Stelle wurde eine hohe Konzentration an bestimmten Schwermetallen und an PCB gemessen.

Im Rahmen der Untersuchung der alten Deponie La Pila wurde 2004 eine neue Sedimentprobe entnommen, in der keine PCB nachgewiesen werden konnten. Anlässlich der Messungen von 2006 wurden wieder PCB registriert.