Die Bewahrung dieser verschiedenen Lebensräume – und damit die Bewahrung der darin vorkommenden Tier- und Pflanzenarten – gehört zu den Hauptaufgaben des BNLS. Das BNLS kümmert sich um die Bewahrung, Revitalisierung und Schaffung solcher Biotope, die für die Flora und Fauna überlebenswichtig sind. Unter Berücksichtigung der Eigenheiten jeder Region wurden die kantonalen Aktionsschwerpunkte für den Biotopschutz festgelegt.

Um die Biotope, die in den Inventaren des Bundes oder des Kantons (siehe Liste weiter unten) aufgeführt sind, zu schützen, bedient sich BNLS mehrerer Instrumente: Raumplanung, Verträge mit den Landwirten laut Bundesgesetz über den Natur- und Heimatschutz usw.

Neben den oben erwähnten Biotopen gibt es auch andere, kleine Landschaftselemente (Strassenböschungen, Hecken, Einzelbäume, Trockenmauern etc.), die es wert sind, auf angebrachte Weise geschützt zu werden. Diese Elemente werden entweder über die Ortsplanung oder über Bewirtschaftungsverträge geschützt.

Biotope, die in den Bundesinventaren eingetragen sind oder durch kantonale Massnahmen geschützt sind:

• Flachmoore
• Hecken
• Hochmoore
• Einzelbäume
• Moorlandschaften
• Strassenböschungen
• Auengebiete